中药超微粉碎机的工序应分为，若中药处于潮湿的状态，则先将进行烘干处理。因为中药粉碎前含水份若高于百分之十，在粉碎过程中二次吸收水份，易出现粘连或以固体的形式存在。不利于进行超微粉碎。在超微粉碎前物料边角不大于10mm，若大于10mm好先进行切片处理或进行1-2分钟的粗粉，这样有利于进行超微粉碎，可以在短的时间内达到微粉效果。总之以上影响超微粉碎效果的各方面原因可以总结成研磨介质、物料性质、进料之前的处理，重要的是选用哪种设备来进行超微粉碎。
中药超微粉碎机采用多项先进技术及运用高速撞击力和剪切力，使物料在磨筒内受到介质的高加速度撞击、切磋、挤压、切割等作用，可在短时间内达到理想的粉碎效果。物料在粉碎过程中呈流态化，使每一个颗粒具有相同的受力状态，在粉碎的同时达到精密混合（分散）的效果。经过调节加速等参数，可以实现以粉碎研磨为目的或精密混合（混合）为主要目标的作业。
中药超微粉碎机采用振动粉碎的工作原理，在磨筒（粉碎室）中装填一定数量的研磨介质，如硬质材料的球、棒或柱，磨筒在外加激振力的作用下产生的顺逆时针方向的圆振动。磨筒的强烈振动使磨筒内介质产生抛掷运动，在此抛掷运动的作用下，使每个介质都产生了与圆振动同向的旋转运动，与此同时，介质群也产生3-5周与圆振动反向的低频公转运动。于是介质时而散开，时而互相冲撞，对物料产生的正向冲击力p和侧向剪切力L。物料在P、L作用力的撞击、压缩和剪切作用下被研细、破壁粉碎。
