1、使用成本高——当前一般性超微粉碎机应用于中药材时，如果追求较好的粉碎效果，就需要反复粉碎，无法实现良好的生产效率或成本。
2、
不易受力——中药材中大多数是植物，其种类繁多，性质不一，有相当一部分富含纤维且比重较轻，在粉碎机械之中不易受到机械力的作用，使用者往往有“铁锤打棉花”的感慨。
3、
温度过高——中药材多数具有活性成分，在粉碎处理当中，对温度有着较高的要求，如果一味追求高转速所带来的冲击力，往往造成温度过高，药材失效。
4、
破壁效果不好——中药材的细胞直径一般在10至50微米之间，一部分达到70微米，所以粉碎到两三百目，仅仅有部分细胞开始破壁，要达到以提高药效为目的的破壁，应该将细度底线设定到500目（等比直径25微米）左右才比较合适。而现在的一般性超微粉碎机对于中药材都很难达到这一要求。
